ade4 (Ecological Data Analysis : Exploratory and Euclidean Methods in Environmental Sciences) est un logiciel libre développé au sein du laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (Université Lyon 1)

Présentation du logiciel #

Ce logiciel statistique implémente de nombreuses méthodes d’analyse multivariée (dont plusieurs ont été développé au laboratoire) et des outils graphiques permettant la représentation des résultats. Le premier pas du logiciel a été lancé en 1985 avec l’écriture d’une procédure de diagonalisation de matrice en langage assembleur pour l’Eclipse S/140. Cette procédure permettait de calculer les valeurs propres et les vecteurs propres d’une matrice en un temps raisonnable, ce qui rendait possible l’utilisation interactive de méthodes d’analyse de données multivariées sur des ensembles de données écologiques de taille réelle. Après de nombreux développements et versions (Microsoft QuickBasic avec interface Hypercard, puis en C), ce logiciel a été complètement réimplementé sous la forme d’un package pour le langage/logiciel statistique R.

En savoir plus sur le projet et la proposition de contribution.

Compétences exigées pour le stagiaire contributeur #

Missions proposées #

Même si il est régulièrement enrichi et mis à jour, le code du package date de 2002 et certaines parties du code mériteraient une réimplémentation afin de les rendre plus efficaces en utilisant de nouvelles technologies. De plus, certains changements programmés dans des packages extérieurs dont dépend adegraphics nous oblige à reprendre des parties de code qui vont devenir obsolètes. Ce travail est nécessaire sous peine de réduire les fonctionnalités de notre package. Dans ce cadre, nous proposons plusieurs sujets de stage dans lequels un ou plusieurs stagiaires peuvent piocher afin de répondre à notre besoin et acquérir de l’expérience en programmation C++ (sujet 1), programmation R (sujet 2) ou programmation Web/R/Shiny (sujet 3).

Lire le détail des missions sur la page dédiée.

Quel encadrement pour le stagiaire ? #

Nous sommes 3 chercheurs/enseignants chercheurs mobilisés par le projet ainsi qu'un ingénieur d'étude (Aurélie Siberchicot) qui travaille au laboratoire sur le développement des packages R. Aussi, le stagiaire pourra avoir différents interlocuteurs. Au niveau du fonctionnement, on peut prévoir une réunion hebdomaire par visio pour faire un point avec l'ensemble des mentors. Et, chaque jour un point si nécessaire avec un mentor en particulier. Le lien peut se faire via visio, mail. L'utilisation d'un outil tel que Slack est aussi envisageable (mais non utilisé actuellement au laboratoire).